Uroczystość rozpoczęła się od odegrania "Mazurka" Dąbrowskiego. Przybyłych na Cytadelę gości przywitał prof. Zbigniew Wawer, dyrektor Muzeum Wojska Polskiego. Prof. Wawer zwrócił szczególną uwagę na liczną reprezentację członków korpusu dyplomatycznego, obecnych na uroczystości, wyraził nadzieję, że jest to dowód na to, że prawda o zbrodni katyńskiej nie jest wyłącznie sprawą Polski.

- Jednym z najważniejszych fundamentów wolnej Polski było dochodzenie prawdy o Katyniu i umacnianie pamięci o zbrodni katyńskiej – powiedział Bronisław Komorowski. Przypomniał, że prawda o zbrodni katyńskiej była istotnym elementem polityki prowadzonej przez rząd Tadeusza Mazowieckiego, z którym w listopadzie 1989 roku odwiedził cmentarz w Katyniu.

Dodał, że była to ważna wizyta i wielkie, choć bolesne przeżycie. - Z jednej strony było poczucie wielkiego polskiego triumfu, że pierwszy polski niekomunistyczny premier zaczyna swoje urzędowanie, swoją nową władzę od wizyty w Katyniu, na grobach polskich ofiar zbrodni stalinowskiej. A z drugiej strony widok tego cmentarza bolał, bo był sam w sobie przecież przypomnieniem i zakłamania, i oszustwa, i kamuflowania prawdy o Katyniu – podkreślił prezydent.

Bronisław Komorowski przypomniał, że jako wiceminister obrony narodowej przyczynił się do utworzenia zalążków Muzeum Katyńskiego, które włączone zostało do Muzeum Wojska Polskiego. - To był rok 1993, kiedy powstało Muzeum Katyńskie w wyniku decyzji, że to Wojsko Polskie, które świadomie wracało do tradycji, do roli fundamentu polskiej niepodległości i obrońcy polskiej wolności tak jak ci, którzy zginęli w Katyniu - objęło swoisty i patronat, i pierwszeństwo w działaniach na rzecz utrwalenia tej pamięci, także poprzez uczynienie Muzeum Katyńskiego częścią Muzeum Wojska Polskiego – powiedział.

Przypomniał także, że wojsko włączyło się w budowę Pomnika Poległym i Pomordowanym na Wschodzie, poprzez zbieranie łusek od pocisków artyleryjskich, z których m.in. odlano pomnik.

Wspominając historię upamiętnienia ofiar zbrodni katyńskiej Komorowski przywołał rok 2000 i otwarcie cmentarzy w Charkowie, Katyniu i Miednoje, przypomniał, że przed dwoma laty otwarty został czwarty cmentarz, w Bykowni pod Kijowem. Przywołał osobę Andrzeja Przewoźnika, sekretarza Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa, jednej z ofiar katastrofy smoleńskiej, który w walny sposób przyczynił się do powstania nekropolii.

Prezydent podkreślił, że w kwestii upamiętnienia ofiar zbrodni NKWD jest jeszcze wiele do zrobienia, w tym kontekście wspomniał m. In. o białoruskiej liście katyńskiej.

Podczas uroczystości Andrzej Kunert, sekretarz Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa przekazał prof. Wawrowi listę ofiar zbrodni katyńskiej oraz symbolicznie trzy przedmioty odnalezione w dołach śmierci.

Modlitwę w intencji pomordowanych na Wschodzie poprowadził bp polowy WP Józef Guzdek. Wraz z nim modlili się bp Jerzy Pańkowski, prawosławny ordynariusz wojskowy, bp Mirosław Wola, naczelny ewangelicki duszpasterz wojskowy oraz rabin Michael Schudrich, Naczelny Rabin Polski. – Niech ta dzisiejsza modlitwa będzie umacnianiem nadziei, że poznamy prawdę, a prawda nas wyzwoli od nienawiści, od lęku o przyszłość, od uprzedzeń. Niech uzdrowiona prawdą pamięć o naszej historii będzie nauczycielką życia. Wszystkie trudne i ważne sprawy te sprzed wielu lat i te z chwili obecnej powierzajmy Bożej Opatrzności – powiedział bp Guzdek.

Po modlitwie prezydent odsłonił epitafium z nazwiskami ofiar zbrodni katyńskiej. Podczas uroczystości Chór Reprezentacyjnego Zespołu Artystycznego WP odśpiewał „Modlitwę obozową”, nieformalny hymn sybiraków.

W uroczystościach uczestniczyli minister obrony narodowej Tomasz Siemoniak, gen. Stanisław Koziej, szef Biura Bezpieczeństwa Narodowego, Izabela Sariusz-Skąpska, prezes Federacji Rodzin Katyńskich, członkowie stowarzyszeń i środowisk związanych z pielęgnowaniem pamięci o zbrodni katyńskiej, ludzie świata kultury i nauki, m.in. Andrzej Wajda i Krystyna Zachwatowicz.

Muzeum Katyńskie jest oddziałem Muzeum Wojska Polskiego. Zostało powołane w 1993 r. dzięki determinacji środowisk katyńskich. Muzeum od samego początku utrzymuje MON, które współpracuje ze środowiskiem Rodzin Katyńskich oraz Radą Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Prace przy budowie nowej siedziby muzeum zaczęły się w październiku 2013 r. Znajdzie się ona w ogromnej kaponierze cytadeli - tak nazywana jest potężna ceglana budowla przylegająca do wału obronnego cytadeli, służąca pierwotnie do ostrzeliwania fosy, podejść i międzypól.

Projekt aranżacji muzeum został wyłoniony w konkursie rozstrzygniętym 8 kwietnia 2010 r. Autorem plastycznej ekspozycji oraz instalacji zewnętrznych jest Jerzy Kalina. Zgromadzone pamiątki eksponowane w powstającym muzeum zajmą dwie kondygnacje kaponiery. Znajdą tam swoje miejsce przedmioty odnalezione przy ciałach ofiar oficerów wojska i policji zamordowanych przez NKWD. W sumie ponad 26 tys. przedmiotów.