29 marca 1963 r. na posiedzeniu Sejmu wystąpił w imieniu klubu poselskiego "Znak" Jerzy Zawieyski. Zaapelował on do kierujących państwem polskim o podjęcie nowych rozmów na temat stosunków Kościół - państwo. Uzasadniał, że Sobór Watykański II stworzył drogę otwarcia i dialogu z całą ludzkością, ze wszystkimi systemami. Przemówienie Zawieyskiego przyjęte zostało z aplauzem. Co ważniejsze jednak, wywołał reakcję u będących u steru władzy komunistów. Przypomnieli sobie oni o interwencjach w tej sprawie kardynała Stefana Wyszyńskiego. Już po dwóch dniach Zenon Kliszko wysłał odpowiedź do Księdza Prymasa. Wcześniej do jej sformułowania nie mógł zabrać się przez półtora miesiąca. List był napisany, najdelikatniej mówiąc, w bardzo niegrzecznym tonie. Zupełnie inaczej rzecz miała się z odpowiedzią Pierwszego Sekretarza PZPR Władysława Gomułki. List, datowany na 6 kwietnia, był rzeczowy i uprzejmy. Zwiastował możliwość kolejnego spotkania Prymasa Wyszyńskiego i Władysława Gomułki.

Do poprzednich ich spotkań, czy spotkań Księdza Prymasa z premierem Józefem Cyrankiewiczem, dochodziło zawsze też dzięki negocjacjom Jerzego Zawieyskiego. Wcześniej jednak podejmował się on roli pośrednika z incjatywy rządzących komunistów. Gomułka czy Cyrankiewicz, kiedy potrzebowali w swoim interesie politycznym spotkania z Prymasem Polski, zwracali się do Zawieyskiego. Tym razem rzecz miała się inaczej. Poseł "Znaku", wiedząc o próbach kardynała Stefana Wyszyńskiego wznowienia działania Komisji Wspólnej i o skierowanej przez niego prośbie o spotkanie z Władysławem Gomułką, postanowił wesprzeć Prymasa Polski. Jego wystąpienie w Sejmie zostało pozytywnie ocenione przez kardynała Wyszyńskiego, chociaż robił to bez uzgodnienia z Księdzem Prymasem. Przyniosło ponadto zamierzony skutek. Do spotkania kardynała Stefana Wyszyńskiego i Władysława Gomułki doszło 26 kwietnia tegoż roku. Szczegółowa relacja z niego zajmuje w zapiskach Prymasa Tysiąclecia kilkanaście stron maszynopisu, dlatego trudno cytować ją całości.

Ksiądz Prymas jechał na tę rozmowę pełen obaw. Uderzająca jest - czytamy w zapiskach - pewność siebie tego człowieka. Wszystko mówi w imieniu: "my", a właściwie "ja" - "znam moich oficerów, moich policjantów". Wszystko jest jego. Jechałem na tę rozmowę z wielkim oporem i męką w duszy, w przekonaniu o jej bezskuteczności. Ale rozsądek nakazywał przeprowadzenie tej rozmowy.

Kardynał Wyszyński, jak sam powiedział, w czasie tej rozmowy nie chciał oskarżać ani polemizować. Przedstawił cały szereg problemów, które narosły. Mówił o kłopotach polskich biskupów z wyjazdem do Rzymu na obrady Soboru i odmowie wizy wjazdowej arcybiskupowi Wiednia, kardynałowi Franzowi Koenigowi. Dalej wyraził swoje niezadowolenie z roli Urzędu do Spraw Wyznań, który przejął całość kompetencji nad Kościołem, również tych, które z natury rzeczy podlegają innym ministerstwom. Jako przykład Ksiądz Prymas podał sprawę służby wojskowej alumnów seminariów duchownych. Powinna ona podlegać Ministerstwu Obrony Narodowej, a w rzeczywistości jest rozstrzygana w Urzędzie do Spraw Wyznań. Prymas Tysiąclecia zgłosił też zastrzeżenia do sposobu funkcjonowania tego urzędu i roli, jaką odgrywa Tadeusz Żabiński jego dyrektor: Jeżeli uprawnienia obywateli, zagwarantowane w Konstytucji PRL, zależne są od jednego człowieka, to mamy do czynienia z ustrojem totalnym, a obywatele są niewolnikami jednego człowieka. Potem kardynał Wyszyński mówił o nauczaniu religii i restrykcjach podejmowanych przez władze.

Przy niektórych omawianych przez dwie godziny przez Księdza Prymasa punktach rozwijała się polemika. Później inicjatywe przejął Władysław Gomułka. Był do tej rozmowy dobrze przygotowany. Miał ze sobą kilka teczek, wśród nich jedną zawierającą materiały dotyczące " Porozumienia" i inną z kazaniami kardynała Wyszyńskiego.

Gomułka powiedział, że za złe stosunki pomiędzy państwem a Kościołem odpowiada nie rząd, ale Kościół. Władze komunistyczne miały, jego zdaniem, dobre intencje. Natomiast, sugerował Gomułka, to Episkopat zajmował stanowisko negatywne wobec ustroju. Na potwierdzenie tej tezy powołał się na rozmowę z wieloma katolikami, którzy myślą podobnie. W takiej sytuacji: to musi - mówił Pierwszy Sekretarz Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej - ustanawiać naszą politykę wobec Kościoła. Jeżeli mnie ktoś bije, trudno być biernym. Mamy wzmacniać pozycję Polski Ludowej. Jest wielu przeciwników socjalizmu. Dalej mówił o tym, że w tej materii szczególną rolę odgrywa hierarchia, szczególnie sam Ksiądz Prymas. Zarzucił Prymasowi Polski, że w swoich kazaniach nawołuje wprost do nieprzestrzegania przepisów prawa. Potem, korzystając z drugiej teczki, mówił o tych sytuacjach, w których, w ocenie rządu, Episkopat łamał postanowienia "Porozumienia". Gomułka ustosunkował się także do sprawy wyjazdu biskupów na Sobór i przyjazdem dostojników Kościoła z zagranicy.

Później rozmowa, w czasie której często dochodziło do spięć, dotyczyła spraw szczegółowych takich, jak punkty katechetyczne, budowy kościołów, służby wojskowej, "Porozumienia, księży patriotów, Komisji Wspólnej. Gomułka cały czas próbował udowodnić, że winę za napięcia w tych wszystkich sprawach ponosi Kościół, zwłaszcza zaś Episkopat. Powtarzał często: "zmiana postawy Episkopatu likwiduje ten problem". Ale w chwili szczególnego rozbudzenia emocji ukazał też rzeczywiste oblicze działania władz komunistycznych. Kiedy omawiano sprawę służby wojskowej kleryków, powiedział, że dzieje się tak, ponieważ Kościół łamie "Porozumienie". Na słowa Księdza Prymasa, że jest to zatem odwet, który jest poza wszelkim prawem, odpowiedział twardo: "Tak, odwet".

Kończąc notatkę z tego spotkania kardynał Stefan Wyszyński napisał:

Rozstaliśmy się, po wymienieniu grzeczności: "Uchodzimy na świecie za przyjaciół" - mówi Wł. Gomułka. "No tak". Opuszczam willę z mieszanymi uczuciami. Lepiej, że rozmowa była. Ale co to daje?

Dzień później raz jeszcze w swoich zapiskach wrócił do tego wydarzenia:

Msza św. nieco opóźniona wskutek wczorajszego zmęczenia. Dziękuję Matce Bożej Dobrej Rady za obecność i za modlitwy moich dzieci na Jasnej Górze i w domu. Przepraszam za wszystko, co we mnie było z oporu. Być świadkiem sloganowego kłamstwa, ciasnoty i tupetu półinteligenckiego - nie jest łatwo.

Było to trzecie spotkanie Prymasa Polski z Władysławem Gomułką i było jednocześnie ostatnim.