Król polski Aleksander II Jagiellończyk (1461-1506) w 1503 r. nadał wieś Gnojno z pięcioma żerebiami (Rykowski, Bednowski, Łużycki, Boguszowski, Isłkowski) Mikołajowi Niemirze zwanemu Grzymalczyk (ros. Hrymalicz) h. Gozdawa (zm. 1533), namiestnikowi mielnickiemu (1499-1533) i drohickiemu (1516-1519). W tym czasie wieś należała do parafii mielnickiej. Kolejnymi właścicielami Gnojna byli potomkowie Niemiry Grzymalczyka: jego syn - Szczęsny (zm. przed 1544 r.), dworzanin królewski (1529), dziedzic Drażniewa i Kobylczyc, wnuk - Stanisław Niemira h. Gozdawa (zm. ok. 1580 r.), stolnik podlaski (przed 1576-1577), właściciel Ostromęczyna, Kamionki (od 1539 r.) i Niwic (od 1548 r.), a także prawnuk Hieronim (Jarosz) Niemira (zm. po 1611 r.), łowczy podlaski (1591--1611). Im też należy przypisać zbudowanie tutaj cerkwi prawosławnej pw. św. Piatnicy. Potwierdza to dokument z 25 maja 1592 r., w którym wspomniany Hieronim Niemira potwierdził wcześniejsze uposażenia i zobowiązał mieszkańców Gnojna, Niwic i Wólki do płacenia dziesięciny po kopie zboża ozimego z każdej włóki. Ówczesnym proboszczem był ks. Trochim Wierzbicki. W 1620 r. mieszkańcy Gnojna obrządku łacińskiego zostali włączeni do parafii w Niemirowie.
W 1633 r. - w miejsce starej - została wzniesiona nowa, drewniana cerkiew unicka pw. św. Praksedy Mniszki, kosztem miejscowych dziedziców, czyli syna wspomnianego Hieronima - Stanisława Niemiry (zm. 1648 r.), kasztelana podlaskiego (1617-1634) i jego drugiej żony Ewy z Oleksowa Gniewoszówny, starościanki latowickiej. 13 maja 1633 r. potwierdzili oni w Niemirowie wcześniejsze uposażenia i nadali ówczesnemu proboszczowi Dymitrowi Wierzbickiemu: dwie włóki z jeziorem Topilec, łąki Zawotnianie i Kalinnik, dwa ogrody w Gnojnie, dom, folwark i inne przywileje. W latach 1662-1674 wieś i dwór Gnojno zostały przyłączone do dóbr Kozierady (od ok. 1744 r. Konstantynów). Ich kolejny właściciel Karol Józef Hiacynt Sedlnicki h. Odrowąż (1703-1761), starosta mielnicki (1732-1738), a później wojewoda podlaski (1738-1745), w 1726 r. był kolatorem unickiej świątyni w Gnojnie, wznosząc w 1734 r. kolejną drewnianą świątynię pw. św. Praksedy.
Obecny, murowany kościół w stylu bizantyjskim został wzniesiony przez prawosławnych w 1875 r., na miejscu rozebranej - z nakazu rządu carskiego - drewnianej unickiej świątyni. W czasie prześladowań unici należący do Gnojna i pobliskiego Konstantynowa przez dwa miesiące byli zmuszeni karmić 4 roty piechoty i 200 żołnierzy konnicy, a ok. 400 gospodarzy zostało wywiezionych do więzień. Parafia unicka istniała do 1875 r. Jej ostatnim proboszczem był ks. Antoni Mazanowski (zm. 28.02.1866 r.), który został pochowany w pobliżu obecnego kościoła.
Po II wojnie światowej świątynia prawosławna została opuszczona przez ludność i duchownego prawosławnego, którzy wyjechali do Kraju Rad. Do Gnojna zaś przybyło wielu repatriantów - katolików (75%) ze Wschodu, razem z ks. Antonim Czyszewiczem (1896-1951), pochodzącym z diecezji pińskiej. W tej sytuacji zaistniała potrzeba powołania tutaj samodzielnej parafii katolickiej. Dekretem z dnia 13 grudnia 1946 r. ks. Ignacy Świrski (1885-1968), biskup siedlecki, czyli podlaski (1946-1968), erygował w Gnojnie parafię św. Antoniego Padewskiego (z dniem 1 stycznia 1947 r.). Jej pierwszym proboszczem został wspomniany ks. Antoni Czyszewicz, który poświęcił świątynię 27 maja 1945 r. Uroczystego poświęcenia - na mocy pozwolenia władzy kościelnej - dokonał 3 czerwca 1945 r. ks. Jan Samulak (1904-1983), dziekan janowski (do 1949 r.).
Obok kościoła stoi murowana plebania zbudowana staraniem ks. Tadeusza Kota (1941-1993), proboszcza w Gnojnie w latach 1977-93.

Kaplice:

Bubel Stary - początkowo miejscowość była własnością rodu książąt Algimunt Holszańskich z Holszan (Golszan) na Litwie. Decyzją ks. Pawła, księcia Algimunta Holszańskiego (1485-1555), biskupa łuckiego (1507-1536), w 1512 r. przeszła ona na własność diecezji łuckiej (do 1815 r.). Bp Franciszek Antoni Kobielski (1679-1755), biskup brzeski i łucki (1739-1755) w 1749 r., mając na uwadze daleką odległość wsi Bubel należącej do klucza janowskiego oraz dobro duchowe wiernych wyznania unickiego, postanowił zbudować w tej wsi drewnianą kaplicę dojazdową parafii Pawłów (obecnie Pawłów Stary). Za zgodą bp. Teofila Godebskiego (zm. 1755 r.), unickiego władyki włodzimierskiego i brzeskiego (1730-1755), kaplica ta otrzymała wezwanie św. Jana Apostoła i Ewangelisty i została zbudowana przez Jana Murawskiego. Tenże biskup wyznaczył stosowny plac pod świątynię, cmentarz i budynki, nadał dwie włóki, zwalniając zapisane grunty od powinności na rzecz dworu biskupiego, za wyjątkiem podatków należnych skarbowi państwa. Powyższy akt fundacyjny został wpisany do akt brzeskich 18 października 1760 r. (AWAK III 213-214).
Kolejną świątynię w Bublu pod tym samym wezwaniem wzniesiono w 1861 r. W 1875 r. świątynię unicką zamieniono na cerkiew prawosławną, a duchownego unickiego - ks. Nikifora Fontasiewicza skazano na wygnanie, ponieważ nie chciał złożyć prawosławnego wyznania wiary. W 1925 r. ks. Henryk Przeździecki (1873-1939), biskup siedlecki, czyli podlaski (1918-1939), powołał tutaj neounicką parafię. W okresie międzywojennym prawosławni, pomimo postanowienia sądowego, zajęli siłą świątynię i ziemię kościelną. Katolicy obrządku wschodniego, na początku lat 30., zbudowali więc drewnianą kaplicę pw. św. Mikołaja w Pawłowie Starym. Dopiero po II wojnie światowej, w związku z przemieszczeniem się ludności, świątynia została zwrócona katolikom i 24 lipca 1946 r. poświęcona przez ks. Zygmunta Syroczyńskiego (1907-1968), tymczasowego zastępcę dziekana janowskiego, jako kościół pw. św. Jana Apostoła i Ewangelisty.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 9.00, 12.00
- kaplica w Bublu Starym: 10.30
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 9.00, 12.00
- kaplica w Bublu Starym: 10.30

Odpusty w parafii: wspomnienie św. Antoniego

Nabożeństwo adoracyjne: 24-26 sierpnia

Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1946 r.
Księgi Małżeństw: od 1946 r.
Księgi Zmarłych: od 1946 r.

Bibliografia:
Archiwum Diecezjalne w Drohiczynie. III /Q/. Akta parafii Gnojno 1945-1969; Akta Filii Bubel przy parafii Gnojno 1935-1957; P. Aleksandrowicz, Diecezja siedlecka, czyli podlaska, Sadowne 1956; M. Głowacki, Katalog duchowieństwa i parafii Diecezji Siedleckiej czyli Podlaskiej, Siedlce 1985; J. Gierczyński, Gnojno. Złoty jubileusz parafii, Niedziela Podlaska 40 (1997) 3/108, s. I. IV; Katalog kościołów i duchowieństwa Diecezji Siedleckiej czyli Podlaskiej na rok 1929, Siedlce 1929; J. Maroszek, Dziedzictwo unii kościelnej w krajobrazie kulturowym Podlasia, Białystok 1996; D. Michaluk, Ziemia mielnicka województwa podlaskiego w XVI-XVII wieku, Toruń 2002; J. Skowronek, U. Maksymiuk (red.), Martyrologia Unitów Podlaskich w świetle najnowszych badań naukowych, Siedlce 1996; S. Ulaczyk (oprac.), Rocznik Diecezji Drohiczyńskiej. Spis parafii i duchowieństwa 1999, Drohiczyn 1999.