Ostatecznie Komisja Konstytucyjna Zgromadzenia Narodowego postanowiła: wpisać do art. 25 Konstytucji RP zasadę poszanowania autonomii i wzajemnej niezależności Kościoła i państwa, każdego w swoim zakresie, oraz współdziałania dla dobra człowieka i dobra wspólnego; rozszerzyć ją na inne Kościoły i związki wyznaniowe uzupełniając ją zasadą równouprawnienia Kościołów i innych związków wyznaniowych. Na tej podstawie do systemu prawa polskiego został wpisany nowy model państwa świeckiego w wersji separacji przyjaznej, który istotnie różni się od modelu separacji wrogiej. Jednocześnie przeciwnicy stawiali zarzut, że ratyfikacja konkordatu spowoduje dyskryminację niekatolików z powodu naruszenia zasady równouprawnienia wszystkich kościołów i innych związków wyznaniowych. Domagali się więc jednakowej formy regulacji sytuacji prawnej Kościoła katolickiego i innych związków wyznaniowych. Postulat ten był bezpodstawny. Zasada równouprawnienia dotyczy bowiem identycznego traktowania wszystkich kościołów i innych związków wyznaniowych co do treści gwarancji wolnościowych; natomiast nie dotyczy formy regulacji ich sytuacji prawnej.